ファクタリングの大きなデメリットは、利用したときにかかる手数料です。手数料の大きさは売掛金のある取引先の信用力によって左右され、細かな設定はファクタリング業者ごとに異なります。2社間ファクタリングよりも3社間で行ったほうが安くなりますが、取引先に資金繰りが悪化していることが知られてしまうため、こっそり資金の問題を解決したい人は2社間を選択する傾向にあります。3社間で行う場合は手数料が10%程度で済むことも多いものの、2社間で行うと30%近く取られてしまうこともあります。
少しでも手数料を抑えるためには、できるだけ安くファクタリングをしてくれる業者を見つけることや、まとまった金額の売掛金の買取をしてもらうことです。売掛金が複数社にわたって存在している場合は、例え1社の売掛金の買取をしてもらう場合でも、すべての会社の債権の詳細を求められることもあります。売るつもりのない債権もあることがわかることによって、ファクタリング業者にとってのリスクを下げることができ、結果的に手数料を抑えることができる可能性があります。最もよいのは取引先に相談し、3社間で債権譲渡契約ができないか持ちかけてみることですが、取引先との関係性も問題になってくるので、慎重に考えてから実行しましょう。
場合によっては業者を使わなくても早めに売掛金を振り込んでくれる可能性もあります。事業を行っていれば資金繰りが悪化してしまうことはあり得ることですので、もしものときのために積み立てて、無駄な出費が発生しないようにすることも大切です。